Истога месеца на дан Св. Петке 27.октобра 1959. у цркви Ружица испод Калемегдана, бива рукоположен у чин јеромонаха. Док је као професор у Призренској богословији службовао бива упућен на постдипломске студије у Атину. 1969. године бива постављен за управника Монашке школе у манастиру Острог, одакле се пак враћа у Призрен и бива постављен за ректора Призренске богословије. Са те дужности 1974. изабран је за викарног епископа Његове Светости Патријарха Српског са титулом епископа моравичког. Годину дана касније 1975. године изабран је за епископа нишког где се до данас налазио.

Патријарх Иринеј је био вредан делатник као Епископ нишки. Године 1987. почела је изградња новог хиландарског метоха, јер је стари који се налазио преко пута Саборне цркве срушен 1947. године. По пројекту Александра Радовића на падинама Делијског виса изграђен је храм посвећен Светом Сави првом архиепископу српском и оцу нације српске, а темеље храма је осветио епископ нишки г.г. Иринеј. Црква Св. Саве је у многоме инспирисана хиландарским храмом (Милутиновом црквом). Грађена је као триконхосна базилика са централним кубетом које носе пиластри. Изнад припрате се налазе два мања кубета. Са западне стране је дозидан улазни трем слично Лазаревој припрати у Хиландару, с тим што је овај трем отворен и застакљен полуобличастим сводовима. Поред цркве сазидан је веома леп конак.

Године 1997. постављен је камен темељац за нову цркву која је почела да се гради на новом нишком гробљу и биће посвећена воздвижењу часног крста. Освећење темеља извршио је епископ нишки г.г. Иринеј. На Лазареву суботу (Врбица) 03.04.1999. године, у новом нишком булеварском насељу, у парку на тргу Светих Константина и Јелене поред школе Свети Сава, извршено је постављење и освећење темеља нове цркве. Освећење је извршио владика нишки г.г. Иринеј са свештенством. Пројекат цркве урадио је архитекта Јован Мандић. Црква има елементе рашке градитељске школе, мада је помало неуобичајена реализација таквог храма са два звоника. Црква је посвећена Св. цару Константину и његовој мајци царици Јелени (што је уједно и нишка градска слава). Храм се налази на дивном месту у може се рећи централном градском парку, и свакако ће допринети лепшем изгледу целог амбијента. Овој цркви гравитира огромно насеље од око 80 000 људи. Изградњом ове цркве био би у многоме ублажен проблем недостатка православних храмова, а становници ових насеља неће морати недељом и другим празницима да пешаче 3-4 километра до најближе цркве.

И по другим деловима епархије нишке видљива је велика грађевинска активност, како на изградњи нових, тако и на обнови постојећих храмова и манастира. Моментално се диже приближно 40 храмова на територији нишке епархије. Приближно овом броју је и број цркава које се обнављају.
Године 1998. је први пут после 50 година за храмовску славу нишке Саборне цркве, Духове, обновљена је велика литија улицама града Ниша.

Народ се све више враћа својој мајци цркви. Људи, отргнути 50 година од своје цркве, буде се, крштавају се и у све већем броју венчавају у цркви. Многима од њих црква постаје други дом. Са своје стране Епархија све интензивније делује на успостављању раскинутих веза са народом. Нишки свештеници су, све чешће, радо виђени гости нишких домова. У оквиру нишке епархије веома активно делује епархијски хор Бранко. Одржавају се све интензивнији часови веронауке, како за децу тако и за одрасле. Видна је издавачка активност, како појединих манастира тако и цркава у оквиру Епархије.